สำนักวิชานวัตกรรมสังคม เป็นสำนักวิชาที่จัดตั้งขึ้นเป็นลำดับที่ 13 ของมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง โดยสภามหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงได้อนุมัติให้จัดตั้งเมื่อวันที่ 21 พฤษภาคม พ.ศ. 2557 มีเป้าหมายเพื่อสร้างความรู้ใหม่ๆ ในการพัฒนาประเทศไทยและมีส่วนในการพัฒนาประเทศอนุภูมิภาคลุ่มน้ำโขงโดยกระบวนการเรียนรู้ผ่านการวิจัยข้ามพรมแดน (Cross Border Research) และการวิจัยเชิงพื้นที่ (Area Based Research) เพื่อผลิตบัณฑิตที่มีความเป็นเลิศทางวิชาการและมีความรู้ในการปฏิบัติการทางสังคมแบบสหวิทยาการ ในอันที่จะสามารถแก้ปัญหาสังคมที่มีความซับซ้อนได้อย่างเป็นรูปธรรม

สำนักวิชานวัตกรรมสังคมจัดตั้งขึ้นท่ามกลางปัจจัยแวดล้อมและความเปลี่ยนแปลงที่เกิดขึ้นในสังคมโลกหลายประการ ได้แก่ การรวมตัวกันของประชาคมอาเซียน (ASEAN Community) ในปี พ.ศ.2558 ความเปลี่ยนแปลงอันซับซ้อนของความสัมพันธ์ระหว่างประเทศในคริสต์ศตวรรษที่ 21 การขยายตัวของระบบเศรษฐกิจแบบทุนนิยมในระดับโลก ความสำคัญของภาคประชาสังคมทั้งในระดับชาติและระดับนานาชาติ รวมถึงการปรับเปลี่ยนกระบวนทัศน์เรื่องการพัฒนาที่มุ่งสู่หลักการพัฒนาอย่างยั่งยืน ภายใต้สถานการณ์ดังกล่าวนี้ สำนักวิชานวัตสังคม จึงจัดการศึกษาทางสังคมศาสตร์เพื่อสร้างสรรค์แนวคิด และเครื่องมือที่สามารถใช้แก้ไขปัญหาทางสังคมได้อย่างเป็นรูปธรรมและนำไปสู่สังคมที่ก้าวหน้า สำนักวิชานวัตกรรมสังคมมุ่งเน้นภารกิจหลัก 4 ด้าน คือ

• การจัดการเรียนการสอน จัดการเรียนการสอนทางสังคมศาสตร์ทั้งในระดับอุดมศึกษาและระดับบัณฑิตศึกษา เพื่อมุ่งเน้นให้ผู้เรียนมีความรู้ทั้งในเชิงวิชาการและเชิงวิชาชีพ
• การวิจัย สนับสนุนการวิจัยเชิงสังคมศาสตร์ในลักษณะการวิจัยข้ามพรมแดน (Cross Border Research) และงานวิจัยเชิงพื้นที่ (Area Based Research) เพื่อสร้างองค์ความรู้และเครื่องมือเชิงสังคมใหม่
• การบริการวิชาการแก่ชุมชนและสังคม เพื่อเรียนรู้และถ่ายทอดองค์ความรู้ทางสังคมศาสตร์แก่ชุมชนและสังคม ตลอดจนหน่วยงานภาครัฐและภาคเอกชน
• การทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรม จัดกิจกรรมการเรียนรู้เพื่อทำนุบำรุงและธำรงรักษาเอกลักษณ์และคุณค่าทางวัฒนธรรม