สำนักวิชาการแพทย์บูรณาการ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง (School of Integrative Medicine, Mae Fah Luang University) จัดตั้งขึ้นในวันที่ 1 มิถุนายน พ.ศ. 2562 นับเป็นสำนักวิชาลำดับที่ 15 ของมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง เป็นสถาบันการศึกษาด้านการแพทย์บูรณาการ ในสังกัดของมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงได้จัดการเรียนการสอนในหลักสูตรระดับระดับปริญญาตรี

มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงจัดตั้งสำนักวิชาการแพทย์บูรณาการเป็นสำนักวิชาใหม่ ที่แยกตัวออกมาจากสำนักวิชาวิทยาศาสตร์สุขภาพ ได้รับการอนุมัติให้จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 1 มิถุนายน พ.ศ. 2562 เป็นสำนักวิชาลำดับที่ 15 ซึ่งประกอบด้วยหลักสูตรระดับปริญญาตรี จำนวน 3 หลักสูตร ได้แก่ หลักสูตรการแพทย์แผนไทยประยุกต์บัณฑิต, หลักสูตรการแพทย์แผนจีนบัณฑิต และหลักสูตรกายภาพบำบัดบัณฑิต ทั้งยังมีหลักสูตรอบรมระยะสั้น จำนวน 3 หลักสูตร ได้แก่ หลักสูตร International Training Program of Thai-Lanna Wellness and Spa, หลักสูตร International Training Program of Integrative Medicine Approach for Health and Wellness Management และ หลักสูตร Traditional Chinese Medicine Field Training Program และในปีการศึกษา 2563 มีแผนที่จะเปิดหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษาอีก 2 หลักสูตร ได้แก่ หลักสูตรการแพทย์บูรณาการมหาบัณฑิต และหลักสูตรกายภาพบำบัดมหาบัณฑิต

สำนักวิชาการแพทย์บูรณาการ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง เป็นสำนักวิชาที่จัดตั้งขึ้นใหม่ แต่สาขาวิชาหรือหลักสูตรที่เปิดสอนนั้น ได้เปิดให้มีการเรียนการสอนมาต่อเนื่องยาวนานในสำนักวิชาวิทยาศาสตร์สุขภาพ พร้อมมีความร่วมมือทางวิชาการกับมหาวิทยาลัยในต่างประเทศเพื่อแลกเปลี่ยนวิชาการ งานวิจัย และบุคลากร-นักศึกษา ไม่ว่าจะเป็น Xiamen University, Yunnan University, Guangzhou University หรือ School of Natural Product Studies, Jadavpur University เป็นต้น